在用source()调用源程序文件或者用read.csv()读入数据文件时， 如果不写文件名的全路径， 就认为文件位置是在所谓“当前工作目录”。 用getwd()函数可以查询当前工作目录， 用setwd()函数可以设置当前工作目录。 在RStudio中用菜单“Session–Set working directory”设置当前工作目录。

在MS Windows操作系统中使用R软件时， 一种好的做法是把某个研究项目所有数据和程序放在某个文件夹如 c:work中， 把R的程序快捷图标复制到该目录中， 在资源管理器中对该图标调用鼠标右键菜单“属性”， 从弹出对话框中，把“起始位置”一栏清除。 这样，每次从这个快捷图标启动R， 就可以自动以所在子目录为当前工作目录， 工作空间和命令历史记录也默认存放在这里。

在MS Windows操作系统的R中使用文件路径时， 要用正斜杠作为连接符， 使用反斜杠则需要成对使用， 如setwd("d:/work")或setwd("d:\work")。

如果使用RStudio软件， 将某个研究项目所有数据和程序放在某个文件夹中， 然后建立一个新项目（project）指向该文件夹。