R语言来自S语言，是S语言的一个变种。S语言由Rick Becker, John Chambers等人在贝尔实验室开发， 著名的C语言、Unix系统也是贝尔实验室开发的。

S语言第一个版本开发于1976-1980，基于Fortran； 于1980年移植到Unix, 并对外发布源代码。 1984年出版的“棕皮书” (R. A. Becker and Chambers 1984) 总结了1984年为止的版本, 并开始发布授权的源代码。 这个版本叫做旧S。与我们现在用的S语言有较大差别。

1989–1988对S进行了较大更新， 变成了我们现在使用的S语言，称为第二版。 1988年出版的“蓝皮书” (Richard A. Becker, Chambers, and Wilks 1988) 做了总结。

1992年出版的“白皮书” (J. M. Chambers and Hastie 1992) 描述了在S语言中实现的统计建模功能， 增强了面向对象的特性。软件称为第三版，这是我们现在用的多数版本。

1998年出版的“绿皮书” (John M. Chambers 2008) 描述了第四版S语言，主要是编程功能的深层次改进。 现行的S系统并没有都采用第四版，S-PLUS的第5版才采用了S语言第四版。

S语言商业版本为S-PLUS, 1988年发布，现在为Tibco Software拥有。 命运多舛，多次易主。现在已经基本被R语言取代。

R是一个自由软件，GPL授权， 最初由新西兰Auckland 大学的Ross Ihaka 和 Robert Gentleman于1997年发布， R实现了与S语言基本相同的功能和统计功能。 现在由R核心团队开发，但全世界的用户都可以贡献软件包。